"Le Moulin aurait été achevé à la fin du 13ème siècle. Il aurait appartenu à Blanche de Castille, ce qui est fort possible puisque Flagy faisait partie du Domaine Royal. Il y avait d’ailleurs dans le village une cure royale, ainsi qu’un procureur fiscal et un garde sel.
La roue du Moulin était à aubes et mue par l’Orvanne. Le Moulin fabriquant la farine nécessaire à la vie des habitants, Flagy pouvant donc vivre plusieurs mois en autarcie tous remparts fermés.





Flagy, comme l’ensemble du Gâtinais a subit des déprédations pendant l’occupation Anglaise et particulièrement lorsqu’Armagnacs et Bourguignons étaient aux prises.
Un incendie ravagea la ville et le Moulin ne fut épargné que grâce à son isolement. Ceci se passait vers 1420, lorsque Jean sans Peur fut assassiné sur le Pont de Montereau et que le Curé de Flagy Jean Laloue le veilla.






Le Moulin ne fit plus parler de lui. Il poursuivit son activité, tranquillement et la Révolution passa sur lui sans l’endommager.
Par contre le vieux Flagy, lui, avait pratiquement disparu : les habitants démolissaient les fortifications pour se servir de leurs pierres, ne laissant subsister que les fossés.
Toutefois les vestiges des tours étaient encore visibles à la fin du 18ème siècle.






En 1833, le 11 juillet, une ordonnance royale fut édictée, régissant les Moulins qui se trouvaient sur le cours de l’Orvanne. C’était la fin de la belle autonomie qu’il avait connue au cours des siècles.
Le meunier n’était plus maître chez lui. C’est à cette époque que le Moulin a été recouvert d’un crépis qui lui enlevait tout caractère et en faisant une grande bâtisse sans intérêt. C’était sans doute pour lui donner un air plus bourgeois.





En 1870, lorsque les Parisiens mangèrent des rats pendant le siège de Paris, le Moulin fournissait encore de la farine aux habitants de Flagy : chaque ferme avait son four et cuisait son pain en ce temps là. Les fermiers apportaient leur blé par sac de 100kg qu’il faillait manier et tirer jusqu’au treuil qui le montait au 2ème étage. Même avec le diable, il fallait beaucoup de force. De là-haut, le blé passait dans les différents appareils de nettoyage avant d’arriver à la trémie qui le faisait descendre sur la meule. La meule comportait une partie posée à plat et fixe, l’autre partie au-dessus tournant et aplatissant le grain. Puis, ce grain aplati passait par la bluterie : un tambour allongé, légèrement en pente et garni de tamis de soie de moins en moins fin. La fine fleur tombait la première et ensuite venait la farine de plus en plus grossière jusqu’à ce que le son ressorte à l’autre bout. De pâtissier au porc, tout le monde y trouvait son compte.


C’est à peu près à cette époque que les meuniers reçurent une lettre venant soi-disant d’un descendant d’émigré en Espagne et qui assurait que ces ancêtres avaient caché de l’or et des bijoux dans le Moulin.
Il demandait qu’on lui envoi l’argent du voyage et promettait de partager le trésor. Les meuniers méfiants ne donnèrent pas suite.







En 1930 le Moulin était décrit de la façon suivante : un Moulin à eau situé sur la rivière l’Orvanne composé d’un grand corps de bâtiment avec ses vibrants tournant et travaillants et comprenant ensuite : une cuisine, une salle à manger au rez-de-chaussée, au premier étage, une grande chambre, grenier par-dessus, couvert de tuiles et place au lavoir attenant. Au couchant et attenant à la maison remise avec garage et ensuite porcherie, vacherie, écurie avec passage couvert, toit à volaille et grange de trois travées, au Sud de la dite cour.





A cette époque la roue à eaux fut remplacée par une turbine avec retenue d’eau par des vannes, et des aplatisseurs et des broyeurs prirent la place des meules. La fabrication de la farine panifiable devenait monopole d’état et seule la farine destinée aux animaux était faite au Moulin. La turbine actionnait aussi une dynamo qui fournissait l’électricité mais c’était un courant bien inégal, et lorsqu’EDF fournit l’énergie à Flagy, l’électricité au Moulin devint inutile.






Cependant en 1940 le Moulin retrouva un regain d’activité, fabriqua à nouveau de la farine panifiable (à l’insu des allemands) et on recuisit du pain dans le four du Moulin qui se révéla en très bon état de marche. Après la guerre, le Moulin tomba en sommeil puis les travaux de restauration intensive furent entrepris vers 1965. Il reprit son visage d’antan et se découvrit une vocation nouvelle. Sous le crépi se retrouvèrent tout l’appareil en excellent état, les colombages d’origine, les tuileaux noyés de torchis, les pierres apparentes du rez-de-chaussée et le pignon avec sa belle voute d’échappement."